Współpraca z partnerami litewskimi datuje się od 1997 roku, kiedy to podpisane zostało porozumienie o utworzeniu Związku Transgranicznego Euroregion Niemen. Po reformie administracyjnej na Litwie w skład Euroregionu wchodzą okręgi: wileński, marjampolski, olicki.

Ponadto Marszałek Województwa Podlaskiego przewodniczy Grupie roboczej ds. współpracy międzyregionalnej, działającej w ramach Polsko-Litewskiej Komisji Międzyrządowej ds. Współpracy Transgranicznej. Komisja określa ogólne kierunki i podstawowe założenia rozwoju współpracy transgranicznej, przedkłada kompetentnym organom obu Państw propozycje w tym zakresie, opracowuje wspólne programy działania mające na celu rozwój współpracy między władzami regionalnymi i lokalnymi administracji państwowej i organami samorządu terytorialnego. Grupa robocza spotyka się dwa razy w roku, Komisja – raz w roku, naprzemiennie na terenie każdej ze stron.