Narodowy Plan Rozwoju wdrażany będzie m.in. za pomocą pięciu sektorowych programów operacyjnych  (SPO). Dotyczą one wzrostu konkurencyjności przedsiębiorstw, rozwoju zasobów ludzkich, restrukturyzacji i modernizacji sektora żywnościowego oraz rozwoju obszarów wiejskich, rybołówstwa i przetwórstwa ryb, infrastruktury transportowej i gospodarki morskiej. 

Teksty poszczególnych sektorowych programów operacyjnych umieszczamy niżej. Należy zaznaczyć, że nie są to jeszcze wersje ostateczne dokumentów. Programy operacyjne muszą zostać zatwierdzone przez Komisję Europejską. Negocjacje w tej sprawie powinny zakończyć się niebawem.